每个相邻房间、相邻区域的压力差，为相对压差，简称：压差。

空气总是从绝对压差高的地方流向绝对压差低的地方，所以，我们必须保证洁净度越高的房间绝对压差越高，洁净度越低的房间绝对压差越低，这样，当洁净室在正常工作或房间的密闭性受到破坏时（比如开门），空气都能人洁净度高的区域流向洁净度低的区域，使高洁净级别的房间的洁净度不受到低级别房间的空气污染和干扰。

洁净区与非洁净区之间、不同级别洁净区之间的压差应当不低于10帕斯卡。必要是，相同洁净度级别的不同功能区域（操作间）之间也应当保持适当的压差梯度。

当开门时，或者当送风量量突然波动、减少时，房间绝对压差会有降低的趋势，每个房间的回风道上都装有一个回风VAV变风量调节阀，这个VAV是根据房间的绝对压差来控制的。压差降低时，VAV会关小，减少回风量，使压差保持稳定，压差升高时，VAV会开大，增加回风量，使压差保持稳定。